Organi Banke su: Skupština, Nadzorni odbor, Uprava i Odbor za reviziju.
Skupština
Skupštinu Banke čini Vlada Federacije, a premijer Federacije je “ex officio” predsjednik Skupštine. Skupština odlučuje o pitanjima određenim Zakonom i Statutom Banke.
Nadzorni odbor
Nadzorni odbor, uključujući predsjednika, ima sedam članova. Članove Nadzornog odbora imenuje i razrješava Skupština na prijedlog Federalnog ministarstva financija sukladno zakonu. Predsjednik i članovi Nadzornoga odbora imenuju se istovremeno, na razdoblje od pet godina.
Uprava
Uprava organizira rad i rukovodi poslovanjem Banke, a čine ju predsjednik, potpredsjednik Uprave i izvršni direktori. Predsjednika i potpredsjednika Uprave, te izvršne direktore imenuje i razrješava Nadzorni odbor putem javnog natječaja, sukladno ustavnim odredbama o proporcionalnoj zastupljenosti konstitutivnih naroda.
Mandat predsjednika i potpredsjednika Uprave je četiri godine i može biti obnovljen jedanput.
Izvršne direktore imenuje i razrješava Nadzorni odbor na prijedlog predsjednika Uprave za razdoblje za koje je imenovan predsjednik Uprave.
Uprava RB FBiH djeluje u sastavu:
dr. sc. Semir Fejzić, v.d. predsjednika Uprave
mr. sc. Marijan Oršolić, v.d. potpredsjednika Uprave
Dalibor Milinković, v.d. izvršnog direktora za projekte i razvoj
dr. sc. Mersiha Slipičević, v.d. izvršnog direktora za upravljanje rizicima
Senija Bubić, v.d. izvršnog direktora za podršku poslovanju
Odbor za reviziju
Banka ima Odbor za reviziju kojeg imenuje i razrješava Nadzorni odbor. Odbor za reviziju sačinjavaju predsjednik i četiri člana koji se imenuju istodobno na razdoblje od četiri godine. Ista osoba može biti imenovana za predsjednika ili člana Odbora za reviziju najviše dva puta uzastopno.